Thinkpad "Fan Error"

仕事用に使っているノートパソコン(Thinkpad T61)，故障しました．
負荷の高い計算を長時間行わせていた日の翌日に，起動しなくなりました．
電源を投入すると「Fan Error」というメッセージのみが表示されるのみになります．
異動前の忙しいときに，メインのPCが動作しなくなるってのは，ありがちなパターンです．このぉ．

Webで「Thinkpad Fan Eroor」で検索すると，同様の故障，多数．典型的な故障のようです．
様々な対処法がWeb上では提案されているようですが，3年間保証のクーリエサービスに加入していたので，迷わずサポートに電話し，引き取り修理に出しました．
典型的な症状で修理がしやすかったのか，実質修理期間1日(火曜日に引き取ってもらって，木曜日に受取)というスピードで，しかも清掃されてきれいになって戻ってきました．これには感動．
サポートサービス万歳！

研究室のノウハウをMediaWikiで

一昨年卒業した学生が，MediaWikiをインストールしたサーバーを構築していってくれました．MediaWikiは，Wikipediaで運用されているWikiソフトです．

このサーバーは，研究室のノウハウを文書として残すために利用されています．

彼がインストールしてくれたから3年弱が経過し，このサーバーが(すくなくとも私と数人の学生にとって)必要不可欠な存在になりました．ほぼ管理者不在で運用してきましたが，何かトラブルがあっては致命傷，ということで，今回，一からそのサーバーを構築することを試みたので，記しておきます．

手順は以下の通り．

1.PC準備

研究室内で捨てられる寸前のPCを救済．スペックは以下の通り．HDのみ新規購入．

• CPU:Pentium III 700MHz, RAM: 512MB, HD:ATA 250GB

2.LAMPのインストール

• Linux
  • 「Ubuntu 6.06 LTS Server Edition」をそのままインストール
    • 参考: サーバ版Ubuntuで実現する完全無償環境 Ubuntu Serverをインストールしよう
  • ただし，DHCPはキャンセル，手動でIPアドレスなどを設定
  • ホスト名，ログイン名は適当に
  • SSHサーバーはインストールしておく「sudo apt-get install openssh-server」
    • 参考: sshへの総当り攻撃をiptablesの2行で防ぐ方法
• Apache2
  • Apache2をインストール「sudo apt-get install apache2」
  • 「/etc/apache2/ports.conf」を編集． Listen 8080 などと
  • 「/etc/apache2/apache2.conf 」を編集．アクセス制限
  • apache2 再起動 「sudo /etc/init.d/apache2 restart」
• MySQL
  • mysqlをインストール．(php5をインストールしてから？)
    • 「sudo apt-get install mysql php5-mysql php5-mysqli」
  • mysqladmin のパスワードの設定
    • ./bin/mysqladmin -u root password 'new-password'
    • 'new-password' にパスワードをMySQL用のパスワードを入力
• PHP
  • php5をインストール「sudo apt-get install php5」
  • 「/usr/local/lib/php.ini /etc/php5/apache2/php.ini」を以下の通りに編集
  •       magic_quotes_gpc = Off
          default_charset = "UTF-8"
          extension=php_mbstring.dll
          mbstring.language = neutral
          mbstring.internal_encoding = UTF-8
          mbstring.http_input = auto
          mbstring.http_output = UTF-8
          mbstring.encoding_translation = Off
          mbstring.detect_order = auto
          mbstring.substitute_character = none;
          memory_limit = 200M
          post_max_size = 200M
          upload_max_filesize = 100M

3.MediaWikiのインストール

    参考　MediaWikiインストール＆設定解説　，Manual:Running MediaWiki on Ubuntu/ja

• MediaWikiのインストール
  • mediawikiダウンロード MediaWiki Download　
  • mediawiki 展開
    • cd /var/www
      tar zxvf mediawiki-1.11.2.tar.gz
      mv mediawiki-1.11.2 wiki
  • config ディレクトリのpermission設定
    • 「chmod 777 ./config」
  • MySQLにwikiアカウント作成
    • cd /usr/bin
      mysql -u root -p mysql
      grant create, select, insert, update, delete, lock tables on wiki.* to wiki@localhost identified by 'password';
      create database wiki;
      \q
  • インストールスクリプト実行
    • たとえば「http://192.168.1.30/wiki」
    • 設定項目は，参照
    • wiki@localhost, password
      Admin user name : wikisys,
      Database name: wiki
      Database usernamne: wiki
      password: password
  • 設定ファイルの移動
    • 「cd /usr/local/apache2/htdocs/wiki/config」
      「mv LocalSettings.php ../」
  • configディレクトリの削除
  
  
• MediaWikiの設定
  • ファイルアップロードを可能にする，wiki/LocalSetting.php を以下のように変更。
    • $wgEnableUploads                = true;
      $wgFileExtensions = array( 'png', 'gif', 'jpg', 'jpeg', 'pdf', 'zip' );
  • ログインユーザのみに編集を許可する方法
    • wiki/skins/MonoBook.php を修正
    • <?php foreach($this->data['content_actions'] as $key => $tab)
      を
      <?php foreach($this->data['content_actions'] as $key => $tab) if($this->data['loggedin']==1) { ?>
      に修正
    • wiki/LocalSettings.php に以下の項目を追加する（順番に注意）
      • $wgGroupPermissions['*']['edit'] = false;
        $wgGroupPermissions['user']['edit'] = true;
    • 参考：How do I remove the article/edit etc tabs for users who are not logged in?
  • タイムゾーンの設定
    • wiki/includes/DefaultSettings.php の以下の項目を設定する      $wgLocaltimezone = '<font color="red">JST</font>';
      $wgLocalTZoffset = '<font color="red">+9</font>';
  • ロゴの変更
    • wiki/LocalSettings.php
      • $wgStylePath        = "$wgScriptPath/skins";
        $wgStyleDirectory   = "$IP/skins";
        $wgLogo             = "$wgStylePath/common/images/logo2.bmp";
  • MediaWiki Mathタグを有効化する
    • Ocaml インストール
      • 「sudo apt-get install Ocaml」
    • /var/www/wiki/LocalSettings.php を編集
      • $wgUseTex = true

念願の一眼レフ

子どもの成長をできる限り美しく残したいということで昨年の5月くらいからデジタル一眼レフカメラの購入を考えていましたが，ついに購入しました．

購入したのは，Sonyのエントリーモデル「α-200」です．

SONY デジタル一眼レフカメラWズームレンズキット α200 ダブルズームキット DSLR-A200W 販売元：ソニー 発売日：2008/02/15 Amazon.co.jpで詳細を確認する

ボディ内手振れ補正があること，アンチダスト機能があること，10万円以内で購入できること，を主な条件として検討し，最後は実機をさわって選択しました．先に挙げた条件を満たし且つ，ライブビュー機能のあるオリンパスのE-510も捨てがたかったのですが，オートフォーカスの測距点数(E-510は3点，α-200は9点)と価格で選びました．

どの一眼レフカメラを購入してもそうなのでしょうが，使ってみると何も考えないでもきれいな写真が撮れるので，うれしくなります．

写真の勉強もしつつ，これからの花見や行楽のシーズンが待ち遠しい．

Gmailの招待制解除か

ジョギングを始めて二週間，自分の走るペースが分かってきたのか，心肺機能が上がってきたのか，ランナーズハイを感じながら長い距離を走れるようになってきました。よし，よし。

さて，，，

Google が無料で提供するウェブメールサービスの「Gmail」。
2.7GBを超える膨大な保存容量も魅力ですが，スパムメール・フィルタの精度が良いことやタグ付け(ラベル)によるメール管理など，かなり使い勝手が良かったようです。
従来は招待制でアカウントを持っている人の招待状がないとアカウントが取得できませんでした。

しかし，最近になってその招待制は解除されたもようです。「Gmailに申し込む」からアカウントを取得できます。
β版で招待制であったGmailが，リリース版になって招待制をやめたのでしょうかね。

つい先日(8月21日)，招待者を斡旋してくれるWEBサイト(かえるのＱ－gmail )で苦労して？アカウントを取得したばかりだったので，なんだか微妙な心境です。

ともあれ，2,3日使用したところでは，たしかにスパムメールに対するフィルタはかなり精度が良くて感心します。捨てアドレスからのメールをGmailアカウントに転送させてみるとほとんどの迷惑メールが引っかかってくれます。さすが，Google.

仕事関連のメールをGmail宛に転送するのは躊躇してますが，これだけ使い勝手が良いとメインのアドレスとして使いたくなってしまうな。

以下，Gmail関連のメモ。

• Gmailについて
• Gmailの使い方
• Gmail Maniacs
• Gmailに学ぶ-大量のメールに振り回されない基本テクニック (IT media)
• FireFox のプラグインについて
• Gmail×Firefox＝最強！
• Gmail File Space (Gmailをオンラインストレージに利用するプラグイン )
• GmailManager (Gmail の複数のアカウントをFirefox 上で管理する)
• Gmail Manager レビュー (日本語)

Gmaps Pedometer でジョギングコースの距離を測る

最近はじめたジョギング，町田市(東京都)と相模原市(神奈川県)を分ける境川沿いがいつものコースです。
自転車と歩行者のみの道がほとんどなので散歩やジョギングするには快適です。

およそ30分間くらい走っていますが，いったいどのくらいの距離を走っているのか知りたくなってきます。
「Gmaps Pedometer」というサイトが便利でしたので紹介します。

• Gmaps Pedometer ( http://www.gmap-pedometer.com/ )
• ジョギングシミュレーター ( http://42.195km.net/jogsim/ ) の方がbetterか？ (edited at 2006-08-25)

このサイトではGoogleMapsを利用し，地図上をなぞったルートの表示とその距離を計測してくれます。
このサービスによると私のジョギングコース・走行距離は4.2km。

こんなものか。

Gmaps Pedometerについて，簡単な使い方を以下に示しておきます。

    1. 出発地点位置をみつける
      はじめは，アメリカ合衆国地図が表示されています。地図をドラッグなどして出発地点を見つけてください
    2. 出発地点から目的地点までをなぞる
        2-1 画面左にある「Start recording」をクリックする(「recording」と表示される)
        2-2 出発地をダブルクリック
        2-3 目的地に至るまでの曲がり角やカーブをダブルクリックする
        2-4 ダブルクリックすることで道のりが太い実線で表示される
        2-5 ダブルクリック地点を誤ってしまった場合は，画面左横の「Undo last point」をクリックする。
    3.  画面左にあるGmaps Pedometer の設定を適宜行って距離を確認
        3-1 はじめの設定では距離はマイル表記なので，これをメートル表記にするために「metric」をチェックする
        3-2 「Elevation」ではなぞった道のりの高低差を表示
        3-3 「Save route」を押すと，2でなぞったルート固有のURLが表示される。
            他人にルートと距離を共有することができる
        3-4 「Clear points and start over」で画面上のルートがすべてクリアされます

下の画面は山手線一周です。このデータは「Save route」し，「http://www.gmap-pedometer.com/?r=354215」として保存されました。

山手線は一周で34.5km(Wikipedia参照 link )ということですが，Gmaps Pedometerでは「34.4068km」と出ました。私のなぞり方が少しおおざっぱなので少し短く計算されたのだと思いますが，信頼できそうな感じです。(地図を拡大して道のりを細かくなぞれば良いはずですが，結ぶ線分の数が多すぎると新しく線分を加えることができなくなってしまうようです。)

自分のなぞった情報を他人と共有もできるので，ジョギングコースの距離計測の他に様々な目的に使えそうですな。

FireFox プラグイン メモ

FireFox のプラグインメモ。

基本的には以下URL先の「Install」文字をクリックすることでインストールできる。
サイトによっては，「あなたのコンピュータを保護するため，Firefoxにこのサイト(*****)のソフトウェアはインストールできない設定になっています。」とツールバーの下部に表示される場合がある。
このような場合，そのメッセージの右端に「設定を変更」ボタンがあるので，そのボタンを押して，このサイトが信用できるサイトか確認してソフトウェアのインストールを許可する。そして，再度「Install」文字をクリックする。

• All-in-One gestures (link)

マウスジェスチャーを追加するプラグイン

• All-In-One Sidebar (link)

サイドバー内にダウンロード状況やプラグインの一覧などを表示

• Firefox 用 Google ツールバー (link)
• ieview (link)

閲覧中のWebページを，指定したWebブラウザ(Internet Explorer等)で開くことを可能とするプラグイン。InternetExplorer専用に作られたサイトを閲覧する場合に利用

• PDF Download (link)

PDFリンクのクリック時に4つの処理を選択可能にするプラグイン

• Tab Mix Plus (link)

タブブラウザとしての能力を向上させるプラグイン。タブが多くなったときの多段表示，最近閉じたタブの復元，タブごとのセキュリティの許可などの機能

• ProxyButton (link) (edited at 2006-08-28)
• SwitchProxy (link) (edited at 2006-08-28)

プロキシのOn/Offを切り替えるボタンを追加するプラグイン。

複数のプロキシを切り替えるのなら以下のプラグインが良さそう(設定が少し煩雑か？ )。

foxyproxy (link)

パスワード忘れ

メモ。

伏せ字になったパスワード(*******)の中身を表示するソフト(for Windows)

• PasswordEye　(link)
• パスみえ2000 (link)

Print-quality Digital Images

学会(2006 Biophysical Society Annual Meeting)は無事終了。あとは帰国するのみ。

学会中，論文中に載せる図をどのように作成したら良いか，編集者からのレクチャー「How to Prepare Print-quality Digital Images」があり，そのセッション1に参加したのでまとめておく。

セッション1での内容は基本的なことが主であった。 端的にまとめると我々がすべきは以下のことである。

1. 画像の解像度はA4サイズで300dpi以上になるように
2. ファイル形式はEPSかTIFFに
3. 図中にJPEGデータは入れるな
4. カラー設定はRGBに
5. フォントは埋め込む(EPSファイルの場合)

従来は，(印刷されることが前提であったので)カラー設定は「CMYK」にして提出するように指示していたが，これからはむしろ「RGB」にせよ，というのが新しく知った話(Biophys.J.だけ？)。

データの取得がPCベースになったことや論文のWeb公開が増えたからであろう。 RGBからCMYKへの変換する際のプロファイル選択は編集者側で行う，と言っていた気がする。

レクチャーで述べていたことを以下に羅列する。

• Raster ImageとVector Imageの違い

ラスタとベクトル (link)

• 画像の解像度

wikipedia 解像度 (link)

• フォントの埋め込み(EPSファイルの場合)

通常，図中に「マイクロメートル」を表現したいときは「mm」と書いて最初の「m」を「symbol」フォントにする。しかし，ここでフォントを埋め込まないで保存してしまうと，編集者サイドでは「mm」で認識してしまう。「マイクロメートル」と「ミリメートル」では1000倍も異なることになってしまうので注意。

• JPEG画像は使用するな，という話

JPEGは，非可逆圧縮したものなので一回JPEG保存してしまうと元の画像に戻せない。 よって学術論文には向かない。

また図の輪郭部分周辺にどうしてもノイズ入ってしまうので，美しくない

• CMYKとRGBについて

カラー(CMYKとRGB)について (link)

• ICCプロファイルについて

カラーマッチングとは (link)

• ソフトウェアについて

Adobe社のソフトを使うのが間違いないが高価なので，フリーのソフトを紹介。

1. The GIMP (link)

Adobe PhotoShop 代替えのラスター画像処理ソフト。 フリー。

2. Inkscape (link)

Adobe Illustrator 代換え?のベクトル描画ソフト 初めて聞いたソフトだが有用なソフトらしい。
Inkscape tutorial (link)
日本語化 (link)

3. Serif PhotoPlus and DrawPlus (link)
   

Serifのソフトウェアについて，その旧バージョンが無償で公開されている。

詳細は下記URLを参照するように。

• DigitalExpert(英語) (link)

以下は読み物として

• DTPを学ぼう (link)
• マルチメディアデータの処理 (link)

ホテルでのネット接続＠海外

出張中でのネット接続についてのメモ

滞在するホテルは，高速でのネット接続はできないことが判明。「data port」はあるとWWWページに書いてあるが，これはアナログモデムを利用するためのportらしい。

海外出張で役立つインターネット接続術 (link)

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4. ホテルでインターネット (link)

高速インターネット接続サービスが提供されていないホテルの場合、アナログ・モデムを利用してインターネットへ接続することになる。その際、まず注意すべ きはPCと電話線との接続である。米国の多くのホテルの部屋に備え付けの電話機には、横に「Data（データ）」や「Data Port（データ・ポート）」と書かれたモジュラ・ジャックがある。

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どうやらモデムを使っての接続になりそう。電話ケーブルは持参すること。

ここ数年，モデムなんて使ってなかったので不安なので，「@nifty海外接続アシスタント(link)」をインストールして備える。

以下，接続する際のチェックポイント

• ホテル・部屋からの外線発信番号を確認
• ToneとPulseの確認
  • プッシュ--> Tone
  • ダイヤル--> Pulse
• モデムのスピーカーをオンにして，その動作を確認

日本語テスト

日本語変換ソフト「Atok」で知られているジャストシステムのサイトで，期間限定で(2006年2月28日まで)日本語テストが行われています。

• Atok presents 全国一斉！日本語テスト (link)

問題数は30問なので，ちょっとした時間で解答できます。
私の得点は，65点でした。
ちょっとショック。「Atok」に頼りっぱなしだったから，脳が退化してしまったに違いない。

「鼻血」をだすために，間違って「はなじ」と入力しても「鼻血《はなぢの誤り》」と間違いを指摘してくれたあげく，正しい漢字に変換してくれるものな。

論文作成環境

投稿していた論文の査読結果を昨年暮れにいただいていたのだが，その査読結果への返答がまとまり一段落。
ここに論文を作成する上での環境などをまとめておく。

LaTeX環境を整える

• 日本語TeX情報(link)
• 角藤TeX for Win32(link)
• pLaTeX2e 新ドキュメントクラス(link)
• dviout (link)
• Ghostscript 8.53 + GSview 4.7 の日本語版 (link)

本文を書く

• 秀丸エディタ (link)
• 秀丸 TeX, LaTeX 用の強調表示ファイル (link)
• HiTeX (for Hidemaru Editor) - 飛鳥(ひちょう) (link)
• 数式エディタ TeXaide (link)

グラフ，図の作成

• IGOR Pro 日本語版 (link)
  • 作成したグラフは，LayOutに並べた後にEPS出力する。出力されたEPSファイルをIllustratorで編集。
• Adobe Illustrator (link)
• Mayura Draw (link)
  • Illustratorを購入する前は，このソフトを使用していました。日本語は扱えない(と思う)。

文献を管理する

• bibTeX (bibTeX 使い方 link)
• JabRef (link)
  • bibKeyは，「99nature402_1stAuthor_LastAuthor」というように「出版年二桁表示 + 雑誌名 + Volume + "_" + 第一著者の名字 + "_" + 最終著者の名字」で表す。雑誌名が複数単語から成る場合は単語の頭文字を取る。たとえば，「Appl. Phys. Lett.」の場合は，「apl」とする。例外的に「Proc. Natl. Acad. Sci. USA」は「pnas」。
  • JabRefの機能を生かし，ローカルにダウンロードした論文のPDFファイルと関連づけておく。なお，論文はbibKey名で保存する。
• LaTeX Style and BiBTeX Bibliography Formats for Molecular Biologists (link)

論文を推敲する

• スペルチェック Ispell (link)
• 秀丸とIspell (link)
• 文字数のカウント (link)
• 修正部を明示する (Editorからの修正要求に対して)
  • 下線 和文 ulem.sty (link)
  • 下線 英文 umoline.sty (link)
  • 赤字など color.sty ( \textcolor{red}{赤い色} )

論文のPDF化

• dvipdfmx
  • \usepackage[dvipdfm]{graphicx}と指定
  • 欧文フォントの埋め込み(基本14書体 link) dvipdfmx -f dlbase14.map ファイル名

秀丸上で動作するような，英文法チェッカーがあるとこの上ない環境になると思うのだが，そんなソフトはないだろうか？

名簿整理

年賀状整理。

いろいろ住所が変わっている人がいるので、住所録をとりあえずエクセルに入力して整理する。人名だと「高」と「髙」やら「崎」とやら通常では変換してくれない文字に四苦八苦。

またいずれ忘れると思うので、特殊な文字についてUnicodeとともにメモしておく。

• 髙：梯子高 Unicode 「9AD9」
• 﨑：たち崎 Unicode 「FA11」
• 栁：Unicode 「6801」