2008年3月17日 (月)

研究室のノウハウをMediaWikiで

一昨年卒業した学生が,MediaWikiをインストールしたサーバーを構築していってくれました.MediaWikiは,Wikipediaで運用されているWikiソフトです.

このサーバーは,研究室のノウハウを文書として残すために利用されています.

彼がインストールしてくれたから3年弱が経過し,このサーバーが(すくなくとも私と数人の学生にとって)必要不可欠な存在になりました.ほぼ管理者不在で運用してきましたが,何かトラブルがあっては致命傷,ということで,今回,一からそのサーバーを構築することを試みたので,記しておきます.

手順は以下の通り.

1.PC準備

研究室内で捨てられる寸前のPCを救済.スペックは以下の通り.HDのみ新規購入.

  • CPU:Pentium III 700MHz, RAM: 512MB, HD:ATA 250GB

2.LAMPのインストール

  • Linux
  • Apache2
    • Apache2をインストール「sudo apt-get install apache2」
    • 「/etc/apache2/ports.conf」を編集. Listen 8080 などと
    • 「/etc/apache2/apache2.conf 」を編集.アクセス制限
    • apache2 再起動 「sudo /etc/init.d/apache2 restart」
  • MySQL
    • mysqlをインストール.(php5をインストールしてから?)
      • 「sudo apt-get install mysql php5-mysql php5-mysqli」
    • mysqladmin のパスワードの設定
      • ./bin/mysqladmin -u root password 'new-password'
      • 'new-password' にパスワードをMySQL用のパスワードを入力
  • PHP
    • php5をインストール「sudo apt-get install php5」
    • /usr/local/lib/php.ini /etc/php5/apache2/php.ini」を以下の通りに編集
      •       magic_quotes_gpc = Off
              default_charset = "UTF-8"
              extension=php_mbstring.dll
              mbstring.language = neutral
              mbstring.internal_encoding = UTF-8
              mbstring.http_input = auto
              mbstring.http_output = UTF-8
              mbstring.encoding_translation = Off
              mbstring.detect_order = auto
              mbstring.substitute_character = none;
              memory_limit = 200M
              post_max_size = 200M
              upload_max_filesize = 100M

3.MediaWikiのインストール

    参考 MediaWikiインストール&設定解説 ,Manual:Running MediaWiki on Ubuntu/ja

  • MediaWikiのインストール
    • mediawikiダウンロード MediaWiki Download 
    • mediawiki 展開
      • cd /var/www
        tar zxvf mediawiki-1.11.2.tar.gz
        mv mediawiki-1.11.2 wiki
    • config ディレクトリのpermission設定
      • 「chmod 777 ./config」
    • MySQLにwikiアカウント作成
      • cd /usr/bin
        mysql -u root -p mysql
        grant create, select, insert, update, delete, lock tables on wiki.* to wiki@localhost identified by 'password';
        create database wiki;
        \q
    • インストールスクリプト実行
      • たとえば「http://192.168.1.30/wiki」
      • 設定項目は,参照
      • wiki@localhost, password
        Admin user name : wikisys,
        Database name: wiki
        Database usernamne: wiki
        password: password
    • 設定ファイルの移動
      • 「cd /usr/local/apache2/htdocs/wiki/config」
        「mv LocalSettings.php ../」
    • configディレクトリの削除

  • MediaWikiの設定
    • ファイルアップロードを可能にする,wiki/LocalSetting.php を以下のように変更。
      • $wgEnableUploads                = true;
        $wgFileExtensions = array( 'png', 'gif', 'jpg', 'jpeg', 'pdf', 'zip' );
    • ログインユーザのみに編集を許可する方法
      • wiki/skins/MonoBook.php を修正
        • <?php foreach($this->data['content_actions'] as $key => $tab)

          <?php foreach($this->data['content_actions'] as $key => $tab) if($this->data['loggedin']==1) { ?>
          に修正
    • タイムゾーンの設定
      • wiki/includes/DefaultSettings.php の以下の項目を設定する      $wgLocaltimezone = '<font color="red">JST</font>';
        $wgLocalTZoffset = '<font color="red">+9</font>';
    • ロゴの変更
      • wiki/LocalSettings.php
        • $wgStylePath        = "$wgScriptPath/skins";
          $wgStyleDirectory   = "$IP/skins";
          $wgLogo             = "$wgStylePath/common/images/logo2.bmp";
    • MediaWiki Mathタグを有効化する
      • Ocaml インストール
        • 「sudo apt-get install Ocaml」
      • /var/www/wiki/LocalSettings.php を編集
        • $wgUseTex = true

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2006年6月 6日 (火)

胎内記憶

興味深い記事あり。
>>-------------------------------------
胎内記憶:幼児の3割が鮮明に語り 横浜の産婦人科医が調査 (毎日新聞 2006年6月5日 東京朝刊) (link)

お母さんのおなかの中にいた時のことを覚えていますか? 横浜市の産婦人科医、池川明さんは、幼児を対象に胎内記憶の調査を続けている。実際に記憶があるのかどうかは証明できないが、3人に1人は「覚えている」と答え、胎内の様子を詳しく再現する回答も多い。池川医師は「胎内記憶の有無ということではなく、おなかにいた時のことを一緒に語り合うことで親子関係を深めてほしい」と話している。
-------------------------------------<<

調査アンケートでの回答を以下に紹介する。

>>-------------------------------------
胎内にて

「暗くてあたたかかった」(2歳、4歳男児)
「水の中に浮かんでいた」(3歳女児)
「ひもでつながれていた」(2歳女児)
「おなかの中は暗くてきゅうくつ。ママの話し声がよく聞こえた」(4歳男児)

生まれる時の記憶について

「暗くて苦しかった。その後泣いたんだよね」(3歳男児)
「パンとなった。光った」(2歳女児、お産は破水から始まった)
「まだ眠くて寝ていたかったのに、起こされちゃったよ」(4歳女児)

-------------------------------------<<

うーむ,信じられん。
親からの伝聞なしに子供が自発的に発した言葉なのだろうか?

調査についてまとめた論文はおそらく以下の論文であろう。
本文を閲覧できる状況にないのは残念。

  • Investigation by Questionnaire Regarding Fetal/Infant Memory in the Womb and/or at Birth
  • Journal of Prenatal & Perinatal Psychology & Health: Vol. 20, No. 2, pp. 121-133.(link)

上記論文の簡単に説明したのが以下のサイトと思われる。

  • 胎内の記憶・出生の記憶  池川クリニック 池川明 (link)

私には,生まれる時の記憶なんて残っていやしないし,残ってたこともないと思うのだが,ハルカは如何に?
ハルカがしゃべることができるようになったらビデオ回しながらインタビューしてみよう。

ただ,ハルカが産まれた直後は大きな音にもまぶしい光にも反応しているように見えなかったんだよな。

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2006年4月17日 (月)

実験ノートの書き方など

今年度初めの研究室のセミナーあり。
自己紹介や研究室・備品の責任者決めやら。

時間の都合で省略してしまった実験ノートの書き方などをここに記しておきます。
次週のセミナーで以下の内容をプリントアウトして配布しようと思いますが,意見やコメントがあれば是非。(ただ,特許取得を念頭においた実験ノートではなく,学生への教育を念頭においたものを希望。)

実験ノート laboratory notebook

Please purchase the laboratory notebook (hard covered) at COOP by laboratory card. And write your research activities on it according to the following

  1. Write entries in ball-point pen or a permanent ink.
  2. Sign and date each entry.
  3. Describe the work objectively and completely so that it can be understood without additional explanation.
  4. Make sure each section has a clear, grammatical heading that describes the work reported.
  5. Make sure handwriting is clearly legible and that numbers and symbols are unambiguous.
  6. Make sure the notebook's table of contents in up to date.
  7. Store the notebook safely.

実験データ Experimental data

Please back up your electric experimental data in more than two media (HD, CD-R, MO).

 

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2006年4月 5日 (水)

AFMの原理

原子間力顕微鏡の原理を教えるための教材をメモ。

Dr. Joseph Griffith によるAFM教育ソフトウェア(for Windows)の紹介ページ (link), (link2)。

リンク先で紹介されている3つのソフトの概要は以下の通り。

  • AFM Model
  • AFMによる画像化の様子をシミュレートする。セットポイント(set reference)やフィードバックゲイン,スキャン速度などが設定でき,その設定値を反映したAFMの動きが確認できる。

    060405_afmmodel

  • Driven Oscillator
  • AFMカンチレバーの振動をシミュレートする。減衰係数や振動周波数などを設定し,駆動する信号とカンチレバーの振動の関係がどのようになるかが図示される。

    060405_drivenoscillator

  • Probe Simulator
  • 探針の形状とサンプルの凹凸が,AFMで得られる画像にどのような影響を及ぼすかがわかる。

    060405_probesimulator

メーカーによるAFMの説明(日本語)

  • オリンパスによる説明 (link)
  • エスアイアイ・ナノテクノロジーによる説明 (link)

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2006年2月23日 (木)

Print-quality Digital Images

学会(2006 Biophysical Society Annual Meeting)は無事終了。あとは帰国するのみ。

20060223_byeslc

学会中,論文中に載せる図をどのように作成したら良いか,編集者からのレクチャー「How to Prepare Print-quality Digital Images」があり,そのセッション1に参加したのでまとめておく。

セッション1での内容は基本的なことが主であった。 端的にまとめると我々がすべきは以下のことである。

  1. 画像の解像度はA4サイズで300dpi以上になるように
  2. ファイル形式はEPSかTIFFに
  3. 図中にJPEGデータは入れるな
  4. カラー設定はRGBに
  5. フォントは埋め込む(EPSファイルの場合)

従来は,(印刷されることが前提であったので)カラー設定は「CMYK」にして提出するように指示していたが,これからはむしろ「RGB」にせよ,というのが新しく知った話(Biophys.J.だけ?)。

データの取得がPCベースになったことや論文のWeb公開が増えたからであろう。 RGBからCMYKへの変換する際のプロファイル選択は編集者側で行う,と言っていた気がする。

レクチャーで述べていたことを以下に羅列する。

  • Raster ImageとVector Imageの違い
  • ラスタとベクトル (link)

  • 画像の解像度
  • wikipedia 解像度 (link)

  • フォントの埋め込み(EPSファイルの場合)
  • 通常,図中に「マイクロメートル」を表現したいときは「mm」と書いて最初の「m」を「symbol」フォントにする。しかし,ここでフォントを埋め込まないで保存してしまうと,編集者サイドでは「mm」で認識してしまう。「マイクロメートル」と「ミリメートル」では1000倍も異なることになってしまうので注意。

  • JPEG画像は使用するな,という話
  • JPEGは,非可逆圧縮したものなので一回JPEG保存してしまうと元の画像に戻せない。 よって学術論文には向かない。

    また図の輪郭部分周辺にどうしてもノイズ入ってしまうので,美しくない

  • CMYKとRGBについて
  • カラー(CMYKとRGB)について (link)

  • ICCプロファイルについて
  • カラーマッチングとは (link)

  • ソフトウェアについて
  • Adobe社のソフトを使うのが間違いないが高価なので,フリーのソフトを紹介。

    1. The GIMP (link)
    2. Adobe PhotoShop 代替えのラスター画像処理ソフト。 フリー。

    3. Inkscape (link)
    4. Adobe Illustrator 代換え?のベクトル描画ソフト 初めて聞いたソフトだが有用なソフトらしい。
      Inkscape tutorial (link)
      日本語化 (link)

    5. Serif PhotoPlus and DrawPlus (link)
    6. Serifのソフトウェアについて,その旧バージョンが無償で公開されている。

詳細は下記URLを参照するように。

  • DigitalExpert(英語) (link)

以下は読み物として

  • DTPを学ぼう (link)
  • マルチメディアデータの処理 (link)

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2006年2月22日 (水)

ポスター発表

本日は私のポスター発表がありました。パラパラと聴きに来る人あり。
無邪気な質問,有益な指摘,論文の紹介,より良いデータを出すための試薬の紹介など色々。
あまり気にしないようにするが,たいていの人は私が学生だと思っているらしい。
内容がしょぼいからなのか?みてくれなのか?語彙が少ないからなのか?
しばし悩む。もっと良い成果ださないとな。

20060222_poster

夜は,研究室OBのひょんさんらと飲みに行く。
お酒が入って相当に眠くなる。途中数分間の記憶無し。疲れているのか?
ごめんよ,ひょんさん。

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2006年2月20日 (月)

ソルトレイク到着

無事,ソルトレイクに到着し,学会一日目が無事終了しました。

(懸案であったホテルからのネットアクセス(2月16日のエントリー link)は,一日5ドルで高速ネット接続可能と言うことで,このサービスを利用してブログを更新しています。)

ユナイテッド航空で,ロスアンゼルスを経由してソルトレイク入りです。ロスアンゼルスからソルトレイクへは50人乗り程度の小さな飛行機だったので飛行高度も低く,地上のロッキー山脈の景色を堪能できました。

さてソルトレイク,相当に寒いです。こちらでは気温を華氏で表示するので,天気予報で最高気温が29度,最低気温は12度と表示されても,実際外に出てみないと実感できません。

  • 温度(摂氏・華氏)換算 (link)

朝8時から聞きたい発表があったので,時差ぼけのまま会場へ。そのときに撮った写真がこれ。寒そうでしょ。

060220_saltlake

スノボのウェアを着ていったので歩いているうちに体は温まってきましたが,靴は通常のものだったので慎重に歩かないと滑ってしまう感じ。

さて,学会。光ピンセット,AFMなどMechanics中心に聞き回る。

高分子などの分子延伸データの解析で,うまくいってなかったモデルへのフィッティング方法について有用な指摘をもらった。というか指摘を受けて考えてみると当然のことでがっくり。うーむ。

夜は,あるメーカー主催の新機種発表記念パーティー(といったら大げさか)に参加。是非,購入してばりばり使っていきたいものだけど,200,000USドルもする代物。気軽に購入できるものではない。

今回の移動場所についての「Google Earth (link)」用のkmzファイルを置いておく。「Google Earth」は,「extremely cool !!」ということでパーティー中で話題に上った。

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2006年2月17日 (金)

NanoScope Software

AFM NanoScopeソフトウェア(Veeco. co, link.)のエラーについてのメモ

現在,我々の研究室で主に使用しているソフトウェアは以下の通り。
「NanoScope (R) IIIa 5.12r2」 on Windows NT

  • Internal Error の回避
  • AFM測定中あるいはオフライン解析中に「An internal error occurred. The program will now exit.」という警告とともにプログラムが強制終了されることがある。

    Internalerror

    大抵はプログラム(z.exe)を再起動すれば解決する(Capture filenameなどが変わるのに注意)が,問題が回避されない場合は,「D:\SPM\Par」フォルダ内のファイルをAFM購入当初の「Par」フォルダ内のファイルで置き換えることで解決する(はず)。

    Dドライブ「SPM」フォルダ内にある「Equip」や「Par」などのフォルダはバックアップ必須。

    ちなみに強制終了する場合「D:\SPM\log」内のエラーログには「Error in AppendDump SetFilePointer. Closing file. Error code: 131FATAL ERROR: SEtranslator Fault」とある。誰かエラーの本質的な意味を教えてくれぃ。

  • NanoScopeデータ・ヘッダ情報の文字化け
  • NanoScope画像データやフォースカーブデータを汎用ソフトウェア(後日,記述予定)で読み込む場合,正常に読み込めない場合がある。

    この原因はNanoScopeファイルのヘッダ情報が異常である場合が多い。
    NanoScopeファイルのヘッダ情報は,秀丸などのテキストエディタで読み込めるのが通常だが,問題のあるファイルは,このヘッダ情報が文字化けしている。
    この文字化けはNanoScopeソフトウェアで一回開くことで修正される。
    複数のファイルを効率よく修正するには,NanoScopeソフトウェアの「Browse」機能を利用すると良い。24個のファイルを一度に修正できる。

    以下に,NanoScopeファイルのヘッダが情報が適切でない場合(A)と適切な場合(B)について,秀丸エディタ(link)で開いた場合のスクリーンショットをしめす。

    Be4after_touch

  • NanoScopeソフトで削除したファイルを復元(誤って消去したファイルの復元)
  • NanoScopeソフトウェアで「Delete」したファイルは,Windowsのゴミ箱を介せずに削除されてしまうので注意が必要。
    通常は「Delete」機能は使わない。
    もし,誤って削除してしまったら以下のソフトを使うことで復元できる。

    • Restoration (English version) (link)

        上記ソフトは,日本語バージョンがあり,こちらの方が洗練されている。
        日本語Windowsで走っているPCではこちらが便利。

    • 「復元」(日本語version) (link)

            窓の杜での紹介記事 (link)

    「ごみ箱」から誤って消去させてしまったファイルも復元する。復元できない場合もあるのでくれぐれもファイルを削除するときは細心の注意を払うこと

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2006年2月 4日 (土)

負のうだつを矯正

今月は中旬に修士論文,下旬に学士論文の発表を控えていることもあって,論文やその予稿原稿がひっきりなしに送られて来る。その都度,コメントを書いて送り返す。

私も学生時代,論文を指導教官の先生に提出すると真っ赤に添削されて戻ってきたものだ。私が初めて英語で論文を執筆した際はもっとひどかったなぁ。教授は論文は読んでくれたようだったが,添削は受け付けてくれなかったものな。
添削しないかわりに以下の本を渡してくれたものです。

Book 理科系のための英文作法―文章をなめらかにつなぐ四つの法則

著者:杉原 厚吉
販売元:中央公論社
Amazon.co.jpで詳細を確認す

この本には論理的な英文を如何に書くか,文と文を如何に上手につないでいくか,が説明されており,大いに参考になりました。今でも思い出したように読んでいます。

恥ずかしながらこの本の著者・杉原厚吉先生は現役の教授だと言うこと,最近知りました。当時,60近かった私の指導教官の先生が薦めた本だったので,70を超えたあるいは存命でない方かと勝手に想像していました。失礼極まりないな>私。

なぜ,現役の教授だと気付いたかというと,先生のブログを見つけたからです。

  • 東京大学大学院・杉原厚吉の書評ブログ(link)

先生自身のブログというよりは,紀伊國屋書店の書評空間(link)の中のひとつになります。
この書評空間は著名な先生方が,おすすめの書籍をそれぞれのブログで紹介しています。それぞれの道で極めたような個性的な先生たちの書評は非常に勉強になるし,面白い。

いろいろな先生の書評ブログを読みながら,「ハッ!」と色々考えさせられたのが,「東京工業大学大学院・原正彦の書評ブログ (link)」の2006年1月31日のエントリー (link)。

うまくいく人とそうでない人についての記述があり,「うまくいく人は若いときにその予感(オーラ)を感じさせてくれる。その予感は,人としての日常における立ち振る舞いからくる」,というような主旨だ(と思う)。うーむ。

論文や研究についてならいろいろ間違いを指摘してくれたり,より良いアドバイスを頂戴することはあっても,「大人としての立ち振る舞い」についてダメ出しする人は,30歳を超えた今となっては,だんだんと少なくなってきた。ダメ出しはせずに勝手に離れていくのだろう。

自分の最近の行動などを振り返って,原先生のいう「負のうだつ」を発していないか,色々と不安になって少し暗くなりにけり。

ところで,原先生のブログ1月31日のエントリー (link)中の

-------------------------------------------------

メイルとか携帯とかの文化が品を落としつつ「負のうだつ」に拍車をかけていることも事実です。本当に気をつけないと「負のうだつ」はうつるんです。吉田戦車です。

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って言う文の「うつるんです。吉田戦車です。」って,今の大学生はわかるのかなぁ。

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2006年1月30日 (月)

Wordの機能

修士学生論文添削する上でのメモ書き。

論文を印刷してもらって手書きで修正をいれるよりは,「MS Word」の「変更履歴の記録」という機能を使うのが便利だということが最近わかった(一太郎なんかにもついているだろうが)。「MS Word」なんてここ数年使ったこと無かったが,

  1. 学生はほぼ全員「MS Word」で論文を書いている(機関でライセンス取得している)。
  2. デファクトスタンダードになりつつある

という理由で,最低限の使い方くらいは習った方が良いと感じる。

以下,メモ書き。

  • 変更履歴の記録
  • 「ツール」-->「変更履歴の記録」(revision mode)

    「研究者のためのWord利用法(6) (link)」の抜粋
    ------------------------------------------------
    他人の書いた文書に自分の意見や提案を書き込む際に非常に便利である。revision mode で書き加えられた文書を受け取った人は、

    1. 「赤が入った」状態で文書を見ることも、
    2. その提案をすべて受け入れた状態で文書を見ることも、
    3. 書き込み前の original の状態で文書を見ることもできる。

    「変更箇所の確認」で書き込みのある場所を1つ1つ検索して確認していくこともでき、その都度、その変更を「反映させる」(すなわち、受け入れる)か、「元に戻す」(すなわち、却下する)かを選択することができる。どの部分に書き込みがあるか、いちいち元のバージョンと見比べてさがす必要がないのである。特に、ちょっとしたスペースの有無やスペリングの間違いなどは、目で見比べていると見落としがちであるが、「変更箇所の確認」で検索すれば、見落とす心配もない。
    ------------------------------------------------

  • 図の挿入
  • 「挿入」-->「図」--> 「ファイルから」で挿入したい図のファイルを選択

  • 図表番号の挿入
  • 「挿入」-->「参照」-->「図表番号」-->ラベル名(図 or 表)を確認して挿入
    挿入図と図表番号はグループ化しておくと良い
    (@2006.02.10)
    当該の図表を選択してメニュー「挿入」-->「参照」-->「図表番号」-->ラベル名(図 or 表)を確認し,位置を「選択した項目の下」として「図表番号」フィールドにキャプションを入力し,挿入する。
    メニュー「書式‐段落」-->タブ「改ページと改行」より「次の段落と分離しない」をチェック。
    挿入されたキャプションを選択してメニュー「書式‐段落」→タブ「改ページと改行」より「段落を分割しない」をチェック

  • 図表番号へのリンク (答えてネット link)
  • 「挿入」-->「参照」-->「相互参照」を選び,「参照する項目」に「図」を選択した上で,参照したい論文番号を選択する。
    「相互参照の文字列」には「番号とラベルのみ」とする。

  • 参照論文へのリンク
    • 論文リストの作成
    • 「書式」-‐>「箇条書きと段落番号」とし,「段落番号」より「1. 2. 3.」を選択して論文リストを作成
      「段落番号」-->「変更」として,「段落番号の書式」を「1.」から「[1]」へ変更

    • 論文リストからリンクする場合
    • 「挿入」-->「参照」-->「相互参照」を選び,「参照する項目」に「番号付きの項目」を選択した上で,参照したい論文番号を選択する。

以下のサイトは参考になる。

  • 研究者のためのWord利用法 (link)
  • Wordで論文(link)

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2006年1月22日 (日)

センター試験・試験監督

大学入試センター試験の第二日目の本日、試験監督してきました。大学入試・試験監督の経験はあったのですが、センター試験は初めて。

事前の打ち合わせで、「試験中に試験監督の携帯電話が鳴った」、あるいは「試験監督が見回る際の靴の音がうるさい」、ということで苦情をもらったり、ちょっとしたことで全国的なニュースになってしまからこの上なく慎重に!と念を押されていただけに、緊張して試験会場に向かう。第1日目の昨日は、大雪あり(関東地方)、初めての英語・ヒアリングテストありで相当ピリピリしていたようですし、トラブルも多かったようですね。

本日の受験科目は理科1と数学1,数学2、理科2、理科3.本日は理数系の科目ばかり。

相当に覚悟を決めて試験会場に入室したものの、受験者が少なくて拍子抜け。

52人収容の教室で3人の試験監督がつきましたが、その受験者は順に9,21人、18人、11人、12人といった感じでした。毎回、受験票(写真付き)と本人の顔をチェックするので、受験者の顔を覚えてしまったわい。どこの会場もこんなものだったのだろうか?

また、大学入試センターで用意する「監督要領」がかなりシステマティックで、試験中に監督者が行うべき行動がすべて詳細にマニュアル化されていたこともあって、当初懸念したようなトラブルはなく無事、終了。

トラブルあったらあったで困ったのだろうけど、なかったらなかったで手持ちぶさたで苦痛でした。小説持ち込むって訳にはいかないですしねぇ。

受験生にとっては、解答時間が短く感じられたことでしょうが、私には非常に長く感じた一日でした。

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2006年1月19日 (木)

有効数字

実験レポートの採点が終了しました。
学部2年生・物理化学実験が私の担当でした。ちなみに教員になって初めてのレポート採点です。

今回の実験の内容は、ちょうど去年の今頃に私が考えた内容(といっても多くの実験書を参考にさせてもらいました)ものなので、感慨ひとしおってなものです。

実験の目的から方法、原理まで律儀に書いてくる人や、それらを一言で「テキストに従った」ですます人、いろりいろな様式があって興味深い。採点するのは、課題に対する回答のみですが。

実験は必修科目ということもあって、与えられた課題について、おおむね回答してきてくれていました。ただ、有効数字を考慮して書いていない人多数でがっかり。4月のはじめに有効数字の扱いを習ってきているはずだが、もう忘れちゃったのだろうか。

体重60kgと60.2kgとでは、ずいぶんとらえ方は違いますぞ!

体重60kgは、59.500…kg~60.499…kgの範囲内で、体重60.2kgだと、60.1500…kg~60.2499…kg範囲内になる。一概に60kgと60.2kgとで、どちらが重いかは判断できないのだ。

そういえば、この有効数字を逆手にとった、スキーのジャンプチーム(ヨーロッパのどこかの国だったような気がする、思い出せない)があったな。

ジャンプスーツが厚ければ厚いほど浮力が生みやすいと言うことで、ルール上はジャンプスーツの厚さは何mm以内というように規定されている。

たとえば1cm以内ということにしよう。

1cm以内というルールならば、1.0000…cmまでなら良いと解釈し、この値ギリギリののスーツを作るはず。だが、そのチームは1cm以内を1.49999…以内ならOKと解釈したわけだ(この解釈が認められたかどうかは定かでない)。うーむ、ずるがしこい。

この場合、1.0cmとルールに書いておけば、さほど大きな問題にはならなかったのだ。

ちなみに現在のルール(2005-2006 FISルール、link)では以下のように厳格に決められています。

------------------------------------------

4.1 素材、生地
スーツの全パーツにおいて、素材表面の構造及び素材の構成は同一でなければならない。唯一
の例外は、同一素材の色違いである。
スーツの厚さは、4.0mm 以上、5.0mm 以下でなければならない。

------------------------------------------

有効数字、侮ってはいけませんぞ。

  • 木村勇雄の「有効数字の簡便な扱い」 (link)
  • 有効数字の表現 (link)

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2006年1月13日 (金)

Mechanics

修正原稿を送っていた論文が受理されました(1月10日のブログ参照)。

一段落 ,一段落と安心していたのもつかの間,引用した文献の数値に誤りがあるのを発見。掲載受理のメールをいただいた1時間後くらいにもう一度,修正原稿を送り直す。

公表されてから気付くより,事前に気がついて良かったとしようか。しかし,編集者の人には迷惑かけることになりますね。申し訳ないー。

さて,今回の論文を書いていて自分の英語の未熟さや教養のなさを改めて痛感。今後のために有用そうな本を2冊,図書館で借りる。テーマは,生体分子あるいは細胞のメカニクス。返却期限は2月10日まで。

  1. 「Mechanics of the Cell」 David Boal, Cambridge Uni. press
  2. 「Mechanics of Motor Proteins and the Cytoskeleton」 Jonathon Howard, Sinauser Aoosciates, Inc.

Mechanics of the Cell Book Mechanics of the Cell

著者:David H. Boal
販売元:Cambridge Univ Pr (Txp)
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Mechanics of Motor Proteins and the Cytoskeleton Book Mechanics of Motor Proteins and the Cytoskeleton

著者:Jonathon Howard
販売元:Sinauer Associates Inc
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2006年1月10日 (火)

論文作成環境

投稿していた論文の査読結果を昨年暮れにいただいていたのだが,その査読結果への返答がまとまり一段落。
ここに論文を作成する上での環境などをまとめておく。

LaTeX環境を整える

  • 日本語TeX情報(link)
  • 角藤TeX for Win32(link)
  • pLaTeX2e 新ドキュメントクラス(link)
  • dviout (link)
  • Ghostscript 8.53 + GSview 4.7 の日本語版 (link)

本文を書く

  • 秀丸エディタ (link)
  • 秀丸 TeX, LaTeX 用の強調表示ファイル (link)
  • HiTeX (for Hidemaru Editor) - 飛鳥(ひちょう) (link)
  • 数式エディタ TeXaide (link)

グラフ,図の作成

  • IGOR Pro 日本語版 (link)
    • 作成したグラフは,LayOutに並べた後にEPS出力する。出力されたEPSファイルをIllustratorで編集。
  • Adobe Illustrator (link)
  • Mayura Draw (link)
    • Illustratorを購入する前は,このソフトを使用していました。日本語は扱えない(と思う)。

文献を管理する

  • bibTeX (bibTeX 使い方 link)
  • JabRef (link)
    • bibKeyは,「99nature402_1stAuthor_LastAuthor」というように「出版年二桁表示 + 雑誌名 + Volume + "_" + 第一著者の名字 + "_" + 最終著者の名字」で表す。雑誌名が複数単語から成る場合は単語の頭文字を取る。たとえば,「Appl. Phys. Lett.」の場合は,「apl」とする。例外的に「Proc. Natl. Acad. Sci. USA」は「pnas」。
    • JabRefの機能を生かし,ローカルにダウンロードした論文のPDFファイルと関連づけておく。なお,論文はbibKey名で保存する。
  • LaTeX Style and BiBTeX Bibliography Formats for Molecular Biologists (link)

論文を推敲する

  • スペルチェック Ispell (link)
  • 秀丸とIspell (link)
  • 文字数のカウント (link)
  • 修正部を明示する (Editorからの修正要求に対して)
    • 下線 和文 ulem.sty (link)
    • 下線 英文 umoline.sty (link)
    • 赤字など color.sty ( \textcolor{red}{赤い色} )

論文のPDF化

  • dvipdfmx
    • \usepackage[dvipdfm]{graphicx}と指定
    • 欧文フォントの埋め込み(基本14書体 link) dvipdfmx -f dlbase14.map ファイル名

秀丸上で動作するような,英文法チェッカーがあるとこの上ない環境になると思うのだが,そんなソフトはないだろうか?

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